نیروگاه اتمی بوشهر
عدم تلاش روسیه برای تکمیل به موقع نیروگاه بوشهر نیز مسئله‌ای چالش‌برانگیز در مناسبات مسکو و تهران است قرارداد احداث نیروگاه اتمی بوشهر در نوامبر ۱۹۷۴ میان سازمان انرژی اتمی ایران، به ریاست دکتر اکبر اعتماد و شرکت آلمانی زیمنس به امضا رسید. پیش‌بینی شده بود که این پروژه تا پایان سال ۱۹۸۰ تکمیل و راه‌اندازی شود، اما با وقوع انقلاب در ایران این پروژه متوقف ماند. تا بهمن ۱۳۵۷، راکتور شماره یک بوشهر به میزان ۸۵ در صد و احداث رآکتور شماره دو آن نیز ۶۵ درصد پیشرفت فیزیکی داشتند.
پس از انقلاب شرکت زیمنس از تکمیل پروژه خودداری کرد و ایران در نهایت برای تکمیل آن رو به روسیه آورد. توافق‌های اولیه در این باره ، به هنگام سفر اکبر رفسنجانی به مسکو به عمل آمد، اما موافقت‌نامه‌ی نهایی در سال ۱۳۷۳ (۱۹۹۴) در تهران به امضا رسید. روسیه براساس این قرارداد که مبلغ آن ۸۰۰ میلیون دلار بود، کار تکمیل بخش یک نیروگاه هسته‌ای بوشهر را برعهده گرفت. قرار بود نیروگاه بوشهر در سال ۱۹۹۹ راه‌اندازی شود، اما اکنون با گذشت بیش از ۱۲ سال از آغاز پروژه و ۸ سال از زمان مقرر برای تحویل آن، سرنوشت این پروژه هنوز در ابهام است.
تاکنون روسیه دلایل تاخیر خود را با مسائل و مشکلات مالی و فنی توجیه کرده است. اما بسیاری براین نظرند که پروژه‌ی بوشهر نیز از جانب روسیه با بحران اتمی ایران پیوند زده شده است. به عبارت دیگر تأخیرات پی‌درپی روسیه، ناشی بحران اتمی ایران و فشار غرب، بویژه پس از روی کار آمدن محمود احمدی‌نژاد و تشدید این بحران است.